Comme son nom l'indique, la Ferme de l'Hôpital faisait partie autrefois du patrimoine de l'établissement de soins du canton de Genève, qui, dès 1535, regroupait les 7 hôpitaux de la ville et devenait alors une entreprise autonome à laquelle des mouvements religieux octroyaient certains biens.

La ferme apparaît dans le livre de compte de l'hôpital en 1674, mentionnant l'achat de vaches, approvisionnement en lait, légumes, œufs... mais les employés s'occupaient plus particulièrement du vignoble ; "les Blancs de Bossey" devinrent très appréciés des palais de l'époque, et quelques années plus tard, ils entreront dans la fabrication du "vin clairet" de Genève. Les vignes disparaîtront vers 1980.

En 1860, année de l'annexion de la Savoie par la France, l'Hôpital vend la ferme aux époux Besson, fondateurs de l'auberge, qui, après quatre siècles d'existence, porte toujours le même nom.